В XVIII-XIX веках у села Головино были другие названия. Одна половина села называлась Андреевка, другая - Николаевка. Головинские крестьяне в дореформенные времена принадлежали помещикам Кукель - Яснопольскому и Черноглазову. Подворная перепись, проведенная в Белгородском уезде осенью 1884 года, оставила сведения о наличии 129 дворов, 361 одном мужчине и 522 женщинах в этих двух селах. Кроме ржи и овса крестьяне сеяли гречиху, просо, пшеницу, ячмень. Жили небогато, средний надел на двор составлял всего 6, 7 десятины. Грамотных в селе было сравнительно много.
В 1869 году по инициативе священника Титова была открыта школа. Каменная церковь Святителя Николая была построена в селе в 1818 году помещиком Андреем Черноглазовым.
В 1922-27 гг. в Головино образовались: кредитно-сельскохозяйственное товарищество «Новый путь» (председатель - Кирилл Кириллович Жалченко), коммуна «Красный Восток», Каменская сельхозартель, сельхозартель «Крестьянка». В Андреевке - сельхозартель «Согласие», в Николаевке - сельхозтоварищество им. Горького. В 1943 г. в Головинском сельском совете были колхозы «Красная Звезда», «Красное знамя», колхоз им. Ватутина, «Путь к социализму» (председатель - Бескоровайный Андрей Трофимович). В 1965 году Варваровский колхоз «Рассвет», Нелидовский колхоз «Страна Советов» и Головинский колхоз «Путь к социализму» образовали единое крупное хозяйство «Страна Советов» (председатель - Крючков Александр Иванович).
Первый сельский совет был образован на Лондиевке, председателями были Григорий Едамов и Михаил Чернобаев. В начале 30-х годов Головино стало центром сельского совета, куда вошли деревни Андреевка, Новониколаевка, село Головино, а также два хутора - Везигино и Червинский.
Крючков Александр Иванович был инициатором застройки Головино, Новой Нелидовки, при нем были построены первые квартиры городского типа, появились пруды, которыми теперь славится Головино, проложены дороги. Хозяйством в последующие годы руководили Иван Михайлович Прах, Виктор Григорьевич Черноситов.
Муниципальное образование «Головинское сельское поселение Белгородского района Белгородской области» образовано 01.01.2006 года. Территориальную основу поселения составляют земли, ранее входившие в колхоз (позднее АОЗТ) «Страна Советов». На территории расположено восемь населенных пунктов (сёл): Головино, Болдыревка, Новая Нелидовка, Старая Нелидовка, Варваровка, Салтыково, Бехлевка, Соловьевка.
